البروتين العام عبارة عن هيكل حلزوني مزدوج ، وكبروتين هيكلي للمصفوفة خارج الخلية (ECM) ، يتكون الكولاجين من ثلاث سلاسل متعددة الببتيد تشكل بنية حلزونية ثلاثية ، أو مجال كولاجين ، أي أن كل من سلاسل البولي ببتيد الثلاثة متروكة- سلّم. يتم بعد ذلك تشابك الهيكل الحلزوني بواسطة روابط هيدروجينية لتشكيل بنية فائقة الالتفاف من جهة اليمين. تتشابك سلاسل الكولاجين الفريدة من نوعها في اليد اليسرى لتشكل الهيكل الحلزوني المركب الأيمن للكولاجين. هذا الجزء يسمى الجزء الحلزوني. أكبر ميزة في المقطع الحلزوني هي الترتيب الدوري للأحماض الأمينية (Gly-XY) n ، حيث تكون مواضع X و Y Proline (PrO) و hydroxyproline (Hyp) هي الأحماض الأمينية الفريدة للكولاجين ، والتي تمثل حوالي 25 في المئة وأعلى محتوى في البروتينات المختلفة ؛ هيدروكسي ليسين (Hyl) الموجود في الكولاجين في غيره لا يوجد في البروتين ، ولا يشارك في التخليق الحيوي للكولاجين في شكل جاهز ، ولكنه يتحول من البرولين (Pro) في سلسلة الببتيد من الكولاجين التي تم تصنيعها عن طريق عمل الهيدروكسيلا.
ومع ذلك ، فإن محتوى الهيدروكسي برولين وحمض البيروجلوتاميك في بروتينات الثدييات الأرضية العامة صغير جدًا. بالمقارنة مع الحيوانات البرية ، يحتوي الكولاجين الموجود في الحيوانات المائية على كمية أقل من البرولين والهيدروكسي برولين ، ومحتوى الميثيونين المحتوي على الكبريت (Met) أكبر بكثير من محتوى الكولاجين الأرضي.
