يمكن أن يتحلل الكولاجين بواسطة بروتياز معين ، أي قابل للتحلل الحيوي. لأن الكولاجين له هيكل حلزوني محكم وثابت ، فإن معظم البروتياز يمكنه فقط قطع سلاسله الجانبية. فقط البروتياز المحدد مثل الكولاجيناز والإيلاستاز يمكن أن يحلل الكولاجين ويفكك روابط ببتيد الكولاجين في ظل ظروف معينة. بمجرد كسر رابطة الببتيد للكولاجين ، يتم تدمير هيكلها الحلزوني وتحللها تمامًا إلى عديد ببتيدات جزيئية صغيرة أو أحماض أمينية. يمكن للمواد الجزيئية الصغيرة أن تدخل الدورة الدموية ويعيد الجسم استخدامها أو يتم استقلابه. التحلل البيولوجي هو الأساس لاستخدام الكولاجين كمادة لزرع الأعضاء.
